Okres wczesnośredniowieczny pozostawił w Pieninach także niezbyt liczne ślady obecności człowieka w Pieniach. Niewątpliwie istniały wówczas grodziska na górze Zamczysko nad Sromowcami Wyżnymi i Niżnymi oraz na wzniesieniu Jarmucie koło Szczawnicy i być może w Wąwozie Homole. Nieliczni mieszkańcy najchętniej zajmowali doliny Dunajca, zwłaszcza okolice Krościenka, gdzie zachowały się najstarsze oznaki ich obecności oraz obecne tereny wsi Sromowce Wyżne i Niżne.

Czasy średniowieczne naznaczone są w Pieninach bardzo różnie. Od wczesnego średniowiecza do połowy XIII wieku Pieniny i Podhale nie padły poważniejszej penetracji. Dopiero we właściwym średniowieczu pokazują się wyraźnie dwa nurty osadnictwa – polskie i węgierskie, stykające się na linii rzeki Dunajca. Początek zamieszkiwanie w polskich Pieninach wiąże się z ufundowanym w roku 1280 klasztorem Klarysek w Starym Sączu. Nieco wcześniej powstał zamek zwany Pieniny, który kojarzyć powinno się z osobą księżnej Kingi, małżonki Bolesława Wstydliwego. Czas budowy tej budowli obronnej to przypuszczalnie lata 1257 – kiedy to Bolesław nadał Kindze Ziemię Sądecką, a najazdem tatarskim w roku 1287 gdzie Kinga schroniła się przed Mongołami. Pierwszą wsią wybudowaną przez siostry klaryski na prawie magdeburskim były Sromowce Wyżne i Niżne o pierwotnej nazwie Przekop, opisane w dokumencie z roku 1323. Nazwa wsi pochodzi od przekopywania lasów na zasieki broniące przeprawy przez rzekę Dunajec. W roku 1348 Krościenko nad Dunajcem otrzymało od króla Kazimierza Wielkiego prawa miejskie. W tym samym czasie w ręce królewskie przeszedł zamek w Czorsztynie i powstało starostwo obejmujące administracyjnie miejscowości Pienin takie jak Krościenko, Czorsztyn oraz wsie Sromowce Wyżne i Niżne, Maniowy, Grywałd, Hałuszową, Tylmanową, Ochotnicę, Szczawnicę, Kluszkowce.

W końcu XIII wieku i na początku XIV wieku w dużo intensywniej osadnictwo rozwinęło się po przeciwnej stronie Dunajca na Zamagurzu Spiskim. Do kolonizacji tego terenu znacznie przyczynili się Niemcy tzw. Sasi spiscy przywiezieni na Zamagurze przez właścicieli Niedzicy, Berzevicsyich. Oni to zasiedlili wsie Dursztyn, Falsztyn, Frydman, Krempachy, Łysą i Szwaby – dzisiejszy Czerwony Klasztor, Lechnicę na Słowacji. Niemiecko-spiski prąd osadniczy odegrał bardzo ważną rolę w przenoszeniu dawnych osad polskich na prawo magdeburskie.

Na przełomie XIV – XV w. od wschodniej strony grzbietami Gór Karpat nadciągnęła w Pieniny ludność wołoska (przodkowie późniejszych Łemków). Był to lud trudniący się pasterstwem, który po okresie życia koczowniczego zaczął osiedlać się na stałe w Pieniach. Osadnicy wołoscy zasiedlali tereny wysoko położone, o słabych glebach, nie nadające się pod uprawę roliniczą, umożliwiające natomiast kontynuację gospodarki hodowlani – pasterskiej. Powstały wówczas wsie: Jaworki, Szlachtowa, Czarna i Biała Woda, Lipnik, Jarabina, Kamionka, Straniany.